AVIdemux kann Untertitel - sowohl als .srt als auch die von der Scene verwendeten .sub/.idx Out-Of-The-Box ohne Zusatzprogramme fest in ein .avi einbrennen. Wenn das Programm übrigens mit der GTK+ -Oberfläche und unter "Additional Languages" das "german" installiert wird, ist das Programm auf Deutsch.
Vielleicht ist das aber auch gar nicht nötig - nicht nur Softwareplayer wie z.B. der VLC können Untertitel im .srt-Format aus dem Ordner mit abspielen, sondern auch viele Standalone-DVD-Player. Es ist nur darauf zu achten dass die Dateien den gleichen Dateinamen haben - bis auf die Endung natürlich.