Der MPEG Stream der in dem MKV Container steckt kann unterschiedliche Daten enthalten.
So kann er z.B. Daten enthalten die für eine Wiedergabe nicht unbedingt benötigt werden und von dem Konverter Tool deshalb auch nicht in den neuen Container übernommen werden.

Die MKV kann auch mehrere Audio Streams enthalten und beim umpacken wird nur ein Stream ins neue Packet übernommen.

Wird die Datei größer, müssen evtl. neue MPEG Header Informationen geschrieben werden, eine MPEG2 ist z.B. kleiner als eine VOB und eine DVB MPEG2 Aufnahme ist etwas größer als eine PS MPEG2 Datei.

Eine MPEG2 kann also Unterschiedliche Größen bei eigentlich gleichem Bildinhalt annehmen.

Gruß ZeroMike