Da ich Dein Tool nicht kenne, muss ich jetzt doch mal nachfragen.

Bin bei meiner Erklärung davon ausgegangen das sich in der MKV auch MPEG2 Material befindet und du nur den Container umpackst.

Ist das so? Wenn nicht, würdest Du ja neu encodieren und könntest natürlich deine Zielgröße in einem gewissen Rahmen selber bestimmen. Bei jedem Konvertierungs Tool lässt sich ja die Ausgabequalität und somit die Dateigröße einstellen.
Als einfach zu bedienendes Tool zum konvertieren von MKV fällt mir da der Xilisoft MKV Konverter ein, der müsste hier im Forum zu finden sein.

Gruß ZeroMike