Gegen AAC ist an sich nichts einzuwenden, beim Videoencoding mit Nero stellt sich mir halt die Frage, wie der Codec eingestellt ist. Denn auch mit x264 und einer Bitrate von 4Mbit kann man einen Brei aus Blockartefakten bekommen, wenn der Encoder falsch eingestellt ist.
Und das ist nunmal der große Nachteil, den alle "1-Click Encoder" haben. Nicht bis nur wenig veränderbare Encodereinstellungsmöglichkeiten und meist eher auf Geschwindigkeit optimierte Presets. Ich hab die oben gezeigten Encodes von HDR mit stark auf Qualität ausgelegten Einstellungen encodet, wodurch ich aber auch eine maximale FPS Rate von lediglich rund 15FPS erzielt hab. Dann dauern 3 Stunden Film halt auch mal 10-11 Stunden zum Encoden (2-Pass), allerdings auf einem Core2Duo mit 2,2 GHz. Bei nem stärkeren Prozessor (auch QuadCore) dementsprechend schneller.

Alles eine Frage der Abwägung zwischen Qualität und Geschwindigkeit.
Letztendlich liegt die Entscheidung bei dir, du kannst ja durchaus Nero versuchen und wenn du mit dem Ergebnis zufrieden bist, beibehalten. Ich hab jedenfalls mit obigem Tutorial als Grundlage, zusätzlichem Lesen in BrotherJohns Encodingwissen und viel investierter Freizeit die für mich optimale Lösung gefunden, auch wenn ich mittlerweile größtenteils nur noch fertige HD-Rips ziehe und anschaue und ab und zu mal ne HD2DVD erstelle und release.
Versuch einfach, einen für dich passablen Weg zu finden, schließlich musst vor allem DU mit dem Ergebnis zu frieden sein, denn du machst die ganze Arbeit!

Punkt für dich, ich würd trotzdem auf MKV setzen (Moderner, Open Source, mehr Möglichkeiten).