Oder konkreter formuliert: MKV ist nur der Container (wie AVI).
Die Videodaten können MPEG-1 bis MPEG-4, WMV oder RealVideo usw. encodiert sein.
Ebenso Audio bspw. in MP3, WAV, OGG Forbis, AC3 usw.

Bleibt also nur das encodieren mit einem Codec, den der Player verarbeiten kann.